La dérogation consiste à vouloir aller dans un autre établissement que celui de son secteur de rattachement. La Région n’est pas décisionnaire en la matière ; c’est auprès des établissements ou des instances académiques, publics ou privés, qu’il convient de formuler la demande.

Certaines dérogations, prévues par le règlement régional des transports scolaires (article 4), sont accordées de plein droit et permettent un accès aux transports scolaires. Les autres sont soumises à l’examen de l'antenne des transports de la Région Bretagne.

Si la dérogation est acceptée par la Région, l’élève sera ayant droit au transport scolaire. Si la dérogation n’est pas acceptée par la Région, l’élève ne sera pas considéré comme ayant droit au transport scolaire, ce qui signifie qu’il ne sera pas prioritaire voire ne bénéficiera pas du transport public régional si aucune offre de transport existe.